尽管利用合成生物学生产中药功效成分近几年取得了很大进展，但这一领域同样存在很大的困难和问题，最主要的是目标产物的产量达不到工业化的需求，很多中药功效成分的合成还处于实验室合成阶段，在产量比较低的情况，造成目的产物生产成本比较高，因此目前而言，合成生物学技术生产功效成分适用于那些资源短缺、植物中含量低且比较贵重的中药功效成分。另外，中药功效成分生源合成途径的解析限制了利用合成生物学进行生产这些成分，尽管目前已有青蒿素、人参皂苷等成分的合成途径解析，但是中药大部分功效成分的解析依然存在很大的困难，进展缓慢，这严重限制了合成生物学在合成中药功效成分上的利用，因此实现目标产物产量的提高和更多中药功效成分生物合成途径的解析应是未来合成生物学生产中药功效成分的重点研究方向。

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